上世纪60年代初，一支考察队在一处遗址中感染了植物病毒，几乎所有人都死了，一时震惊了全国。但是很不巧，当时正值十年动乱时期，国家根本没有精力去调查。 到了70年代末的时候，国家政局稳定了，终于腾出手来去调查家年前的大案了。
国家组织了调查队，彭加木担任领队。在调查过程中发现了一枚双鱼玉佩，据说有能够进行人物复制。彭加木怕有什么危险，就自己一直贴身带着。不久后彭加木去罗布泊考察，几个月后就消失的没有踪影了，而关于他的失踪一时间有很多说法。

民间的种种猜测：

1957年，彭加木的身体检查出了恶性肿瘤，有人告诉他罗布泊有一种特有的植物，对治疗肿瘤有神奇的效果。为了自己的生命，他决定去罗布泊寻找，罗布泊的环境一直很恶劣，他本就身体不好，扛不住倒在了一个小角落。

还有一种很普遍的说法，就是说彭加木利用双语玉佩穿越成了王莽，去治理古代的社会了，把他经历的社会模式都搬过去了，利用权力一直在做改革。他穿越的太突然，自己都没有反应过来，什么都没来得及留下。

另外的一种说法就是他被秘密的接到了美国，带着自己的所有技术，带着国家的秘密，去美国过更好的生活了。因为害怕被指责，所以干脆换了之前的名字和身份，再加上美国的特殊保护，所以我们找不到。

官方给出的相关解释：

1980年6月16日队伍的饮用水用尽，天气炎热，没有水是绝对不行的，向外求助的等待时间又太长。没办法，彭加木就自己一个人去找水了，走的时候因为害怕队员阻拦，所以并没有说一声，只是留下了一张纸条说明去处。

大家看到纸条的时候已经是18日的中午，而且当时人们觉得彭加木三次来过这个地方，各种环境都很熟，因此并没有担心。后来好多天过去了，一点消息也没有，大家才着急，出去寻找却没有一点结果。

之后国家出力寻找，前后加起来达到了1000人前往罗布泊搜寻，而且一找就是几年的时间，附近几千公里的能找的地方都找遍了，也是一点踪迹都没有。

传说老法医日记：

2006年4月15日一支考察队在库木塔格发现了两具干尸，尸体严重变形，根本无法辨认，于是送到了专门的机构做研究，当时就有人猜测这可能是彭加木，因为与大体的失踪地区相符。

DNA结果出来以后，证明了这其中一具尸体就是彭加木的。大家一阵兴奋，但也很不解，这个人怎么突然就会死呢。进一步的研究发现尸体有多处暴力的痕迹，算起来能有27处伤，这就表示他是他杀而死。

彭加木的队员沿着脚印寻找过他，表示路上还有糖果纸皮。这就是一个疑点，那么恶劣的环境怎么留的住这么轻小的东西。

罗布泊不适宜人类生存，还有未知的危险，基本没有人进去，也就是说凶手只有可能出现在同行的队员身上。当时的情况可能是彭加木执意要去找水，大家怎么劝都不行，最后发生激烈的争执，发生了撕打。可能是由于当时混乱，一失手打死了彭加木。

对于彭加木的死谁也逃不了责任，但是谁也不想因此回国接受刑罚。于是大家就决定自行处理掉尸体，把纸条上的时间也改成了17日的上午，大家一起制造着他失踪的假象，这样就不会受到什么惩罚，反正也不是故意杀人。

时间已经过去太久了，我们没有必要再去纠结老法医的猜测真不真，并没有什么实质的意义。（最后一种不代表本人的观点）